La conmemoración de la Semana Santa es la celebración central del calendario litúrgico cristiano, que despierta la mayor devoción y respeto en Cuenca y sus alrededores. Los cuencanos comienzan las celebraciones el "Domingo de Ramos", seguido del "Jueves Santo". Para marcar este día visitan las siete iglesias, seguidas de procesiones que reveren a "El Señor de la Pasión" o "La Pasión de Cristo" en "Viernes Santo". En las áreas rurales, celebran de manera muy similar, pero también podés observar manifestaciones de fervor religioso. Esto se ve en los muchos hombres que representan a Cristo en la procesión, quienes viajan largas distancias cargando cruces muy pesadas. El Jueves Santo marca el comienzo del Triduo Pascual: la Última Cena, la muerte y la resurrección de Cristo. El Jueves Santo se realiza la peregrinación de las iglesias. Estas visitas y oraciones reconocen y simbolizan a los fieles seguidores de Jesús, el arresto del traidor y, en última instancia, la crucifixión.
En Semana Santa, Cuenca siempre ha abrazado el turismo religioso, que se ve realzado por la gran variedad de artesanías y gastronomía, predominantemente la Fanesca y el arroz con leche, un postre simple pero muy tradicional. La Fanesca es una sopa espesa que consiste en una base de 12 granos. Estos granos representan, según la tradición, los Doce Apóstoles y las doce tribus de Israel; y el pescado representa a Jesús, ya que es el ingrediente principal de la sopa.
Al explorar las iglesias de Cuenca, vas a presenciar la fe palpable del pueblo cuencano. Los templos, iglesias y catedrales que se encuentran en el centro histórico de Cuenca son magníficamente arquitectónicos e te invitan a contemplarlos y admirarlos, mientras realizas la peregrinación. En el centro histórico de la ciudad, hay 17 iglesias ubicadas tan cerca unas de otras que son visitadas por multitudes de gente el Jueves Santo.
Cuenca es la única ciudad en Ecuador con dos catedrales, que se encuentran a una cuadra de distancia. Primero, está la icónica catedral de la Inmaculada Concepción, que se yergue majestuosamente y, sin duda, es un monumento a la fe de los cuencanos. Este edificio combina varios estilos arquitectónicos, dominados por el románico en su forma general con elementos góticos como los tres rosetones, las ventanas con tracería de la fachada, las torres y los vitrales que cubren las paredes. La construcción de esta catedral comenzó en el siglo XIX y se completó en los años treinta. La catedral fue dedicada a la Virgen del Rosario, mejor conocida como "Morenica del Rosario", cuya efigie se puede ver incluso hoy en el altar mayor de la iglesia.
La segunda catedral también es conocida como la catedral antigua "del Sagrario", que fue construida en la época de la fundación de la ciudad española. La Capilla fue erigida por obra de una "minga", que es una reunión de la comunidad para ayudar con obras de bien, y se completó en 1573.
Desde el siglo XVI existía la costumbre de vender sepulturas a los vecinos para ser enterrados en el terreno de las 3 'naves' que conforman la Iglesia. Esta catedral también fue visitada por la primera misión geodésica francesa, enviada para medir el grado del Meridiano (para descubrir cuán redonda era la tierra) en el año 1736.